Diseño de prototipos #6
openInstalación de Fenics en VPS Ubuntu y Macos
100%
Updated by Luis Castellanos 5 months ago
veo que se puede instalar con conda, como hago para instalar la herramienta conda en mi vps con ubuntu 24.04
ChatGPT dijo:
Para instalar Conda en tu VPS con Ubuntu 24.04, sigue estos pasos:
- Descargar Miniconda (Recomendado)
Miniconda es una versión ligera de Conda que solo incluye lo esencial. Ejecuta:
bash
Copiar
Editar
curl -o Miniconda.sh https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Si tu VPS usa arquitectura ARM (como AWS Graviton, Raspberry Pi, etc.), descarga la versión para ARM:
bash
Copiar
Editar
curl -o Miniconda.sh https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-aarch64.sh
2. Instalar Miniconda
Ejecuta el instalador:
bash
Copiar
Editar
bash Miniconda.sh
Presiona Enter para comenzar y sigue las instrucciones en pantalla.
Cuando te pregunte si quieres agregar Miniconda al PATH, acepta (Yes).
- Activar Conda en la Terminal
Después de instalar, carga Conda en tu sesión con:
bash
Copiar
Editar
source ~/.bashrc
Si usas Zsh en lugar de Bash, usa:
bash
Copiar
Editar
source ~/.zshrc
Para verificar la instalación:
bash
Copiar
Editar
conda --version
Si ves algo como conda 23.1.0, significa que está correctamente instalado.
- (Opcional) Agregar Conda al PATH Permanentemente
Si conda no funciona después de cerrar sesión, agrégalo manualmente al ~/.bashrc:
bash
Copiar
Editar
echo 'export PATH="$HOME/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
Para Zsh:
bash
Copiar
Editar
echo 'export PATH="$HOME/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc
5. Usar Conda para Instalar FEniCS
Ahora puedes crear un entorno y instalar FEniCS con:
bash
Copiar
Editar
conda create -n fenics -c conda-forge fenics
conda activate fenics
Listo. Ya puedes usar FEniCS en tu VPS. 🚀
Si tienes algún error, dime qué aparece y te ayudo.
Dijiste:
ya esta instalado, puedes ayudarme a utilizarlo con un ejemplo muy sencillo
ChatGPT dijo:
¡Genial! Ahora vamos a ejecutar un ejemplo muy sencillo en FEniCS para resolver la ecuación de Poisson en 2D. Esto nos servirá para probar que todo funciona bien antes de hacer algo más avanzado con piezoeléctricos.
1️⃣ Activar el entorno de FEniCS
Primero, asegúrate de que estás en el entorno correcto:
bash
Copiar
Editar
conda activate fenics
Si instalaste FEniCS con otro nombre de entorno, reemplaza fenics con el nombre que usaste.
2️⃣ Crear un script Python con un problema básico
Vamos a resolver la ecuación de Poisson en un dominio cuadrado
[
0
,
1
]
×
[
0
,
1
]
[0,1]×[0,1] con condiciones de Dirichlet.
Guarda este código en un archivo, por ejemplo poisson.py:
python
Copiar
Editar
from dolfin import *
Crear el dominio y la malla¶
mesh = UnitSquareMesh(10, 10) # Malla 10x10 en [0,1]x[0,1]
Definir espacio de funciones (Elementos finitos de Lagrange de orden 1)¶
V = FunctionSpace(mesh, "P", 1)
Definir el problema: -Δu = f¶
u_D = Constant(0.0) # Condición de Dirichlet en la frontera (u = 0)
f = Constant(1.0) # Término fuente en la ecuación
Definir la condición de frontera¶
def boundary(x, on_boundary):
return on_boundary
bc = DirichletBC(V, u_D, boundary)
Definir la forma variacional¶
u = TrialFunction(V)
v = TestFunction(V)
a = dot(grad(u), grad(v)) * dx
L = f * v * dx
Resolver el sistema¶
u = Function(V)
solve(a == L, u, bc)
Guardar la solución en un archivo¶
File("solution.pvd") << u
Mostrar el valor en un punto específico¶
print("Valor de u en (0.5,0.5):", u(0.5, 0.5))
3️⃣ Ejecutar el script en tu VPS
Ejecuta el código con:
bash
Copiar
Editar
python poisson.py
Si todo está bien, verás un mensaje con el valor aproximado de
𝑢
(
0.5
,
0.5
)
u(0.5,0.5). También se generará un archivo solution.pvd que puedes visualizar en ParaView en otra máquina si quieres ver la solución gráficamente.
4️⃣ (Opcional) Verificar dependencias
Si obtienes errores relacionados con dolfin, revisa que tienes todo instalado correctamente con:
bash
Copiar
Editar
conda list fenics
Si hay algún error o quieres hacer otro tipo de simulación, dime y te ayudo. 🚀
Dijiste:
python poisson.py
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Calling FFC just-in-time (JIT) compiler, this may take some time.
Solving linear variational problem.
Valor de u en (0.5,0.5): 0.07309843553416125
(fenics) root@srv549711:~/FENICS# ls
poisson.py solution.pvd solution000000.vtu
ChatGPT dijo:
¡Perfecto! 🎉 FEniCS ya está funcionando correctamente en tu VPS.
Ahora que has generado la solución, puedes visualizarla en tu computadora local con ParaView o inspeccionar los datos directamente en Python.
Opcional: Visualizar la solución sin GUI en el VPS
Si no tienes una interfaz gráfica en tu VPS y solo quieres ver la solución en texto o en una gráfica simple, puedes hacer lo siguiente:
Imprimir valores en varios puntos de la malla
Edita poisson.py y agrega:
python
Copiar
Editar
for x in [0.2, 0.5, 0.8]:
for y in [0.2, 0.5, 0.8]:
print(f"u({x}, {y}) = {u(x, y)}")
Luego ejecuta nuevamente el script:
bash
Copiar
Editar
python poisson.py
Guardar la solución en un archivo CSV
Si quieres exportar los datos para analizarlos después:
python
Copiar
Editar
import numpy as np
Obtener coordenadas de la malla y valores de la solución¶
coords = mesh.coordinates()
values = np.array([u(x, y) for x, y in coords])
Guardar en un archivo CSV¶
np.savetxt("solution.csv", np.column_stack([coords, values]), delimiter=",", header="x,y,u", comments="")
print("Solución guardada en solution.csv")
Luego puedes descargar solution.csv desde tu VPS y analizarlo en otro software.
Opcional: Visualizar en tu PC con ParaView
Si quieres ver la solución gráficamente:
Descarga solution.pvd y solution000000.vtu a tu PC usando scp:
bash
Copiar
Editar
scp root@<IP_DEL_VPS>:~/FENICS/solution* .
Abre ParaView en tu PC.
Carga solution.pvd y visualiza la solución.
Si necesitas hacer algo más específico, dime qué sigue en tu análisis. 🚀
Dijiste:
como se donde estan los archivos?, como abro paraview en macos desde la terminal?:
scp root@195.35.37.12:~/FENICS/solution* .
The authenticity of host '195.35.37.12 (195.35.37.12)' can't be established.
ED25519 key fingerprint is SHA256:U+FUmUwuOKRWRIPmC1lDzDIb3vLzFwKBg74vKTkiySI.
This key is not known by any other names.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no/[fingerprint])? yes
Warning: Permanently added '195.35.37.12' (ED25519) to the list of known hosts.
root@195.35.37.12's password:
solution.pvd 100% 170 400.5KB/s 00:00
solution000000.vtu 100% 7992 17.4MB/s 00:00
ChatGPT dijo:
1️⃣ ¿Dónde están los archivos descargados?
Cuando ejecutas el comando scp sin especificar una carpeta de destino, los archivos se guardan en la ubicación en la que estabas cuando ejecutaste el comando.
Para verificar en qué carpeta estás actualmente, usa:
bash
Copiar
Editar
pwd
Y para listar los archivos en la carpeta actual:
bash
Copiar
Editar
ls -l
Si los archivos no están ahí, intenta buscarlos en la carpeta de usuario:
bash
Copiar
Editar
ls -l ~/solution*
Si usaste Finder para moverlos, revisa en ~/Downloads/.
2️⃣ ¿Cómo abrir ParaView en macOS desde la terminal?
Si ya instalaste ParaView, puedes abrirlo desde la terminal con:
bash
Copiar
Editar
open -a ParaView
Si necesitas abrir un archivo específico directamente:
bash
Copiar
Editar
open -a ParaView solution.pvd
Si eso no funciona, intenta abrirlo con la ruta completa (puedes reemplazar la versión de ParaView si es distinta):
bash
Copiar
Editar
/Applications/ParaView.app/Contents/MacOS/paraview
3️⃣ (Opcional) Mover los archivos a otra ubicación
Si quieres mover los archivos descargados a otra carpeta, usa:
bash
Copiar
Editar
mv solution.pvd solution000000.vtu ~/Documents/FEniCS/
Luego puedes abrir ParaView y cargar los archivos desde esa ubicación.
Si algo no funciona, dime qué error aparece. 🚀
ya tengo anaconda completo instalado en mi mac como instalo fenics con conda?
ChatGPT dijo:
Para instalar FEniCS con conda en tu Mac usando Anaconda, sigue estos pasos:
1️⃣ Abre la terminal y activa Conda
Abre la terminal y asegúrate de que conda está disponible ejecutando:
bash
Copiar
Editar
conda --version
Si no reconoce el comando, cierra y vuelve a abrir la terminal o ejecuta:
bash
Copiar
Editar
source ~/anaconda3/bin/activate
2️⃣ Crea un entorno para FEniCS (opcional pero recomendado)
Es recomendable instalar FEniCS en un entorno virtual separado:
bash
Copiar
Editar
conda create -n fenics -c conda-forge fenics
Esto creará un entorno llamado fenics e instalará FEniCS desde el canal conda-forge.
3️⃣ Activa el entorno
bash
Copiar
Editar
conda activate fenics
4️⃣ Verifica la instalación
Para asegurarte de que FEniCS está instalado correctamente, ejecuta en la terminal:
bash
Copiar
Editar
python -c "import dolfin; print(dolfin.version)"
Si ves un número de versión sin errores, la instalación fue exitosa.
5️⃣ Prueba FEniCS con un ejemplo simple
Puedes probar resolviendo la ecuación de Poisson con este código (poisson.py):
python
Copiar
Editar
from dolfin import *
Crear un dominio de malla¶
mesh = UnitSquareMesh(10, 10)
Definir el espacio de funciones¶
V = FunctionSpace(mesh, "P", 1)
Definir los datos del problema¶
u_D = Constant(0.0)
bc = DirichletBC(V, u_D, "on_boundary")
Definir la ecuación¶
u = TrialFunction(V)
v = TestFunction(V)
f = Constant(-6.0)
a = dot(grad(u), grad(v)) * dx
L = f * v * dx
Resolver¶
u = Function(V)
solve(a == L, u, bc)
Guardar la solución¶
File("solution.pvd") << u
Mostrar resultado en terminal¶
print(f"Valor de u en (0.5,0.5): {u(0.5, 0.5)}")
Ejecuta el script con:
bash
Copiar
Editar
python poisson.py
Si necesitas más ayuda, dime qué error te aparece. 🚀
Dijiste:
si funciona
ChatGPT dijo:
¡Genial! 🚀 Ahora puedes empezar a trabajar con FEniCS en tu Mac sin problemas.
Si necesitas ayuda con ejemplos más avanzados, resolver problemas específicos o visualizar resultados en ParaView, dime y seguimos afinando tu flujo de trabajo. 🔥
Dijiste:
ya esta funcional en mac y estoy viendo los resultados en parview